414です。すいません、色々言葉足らずでした
「有料特急の自由席前提で、乗り換えの手間よりも座席確保優先、できれば狙いの座席へ!」を前提としていました
(やくも→おきの話題の延長で振ったつもりだったので・・・)

指定席なら乗り換えはどこでもいいし(料金計算は別)、座席確保はどうでもよくて速達優先なら乗り換えホーム重視は本当にその通りだと思います
特定特急区間の料金計算の話は考えていなかった・・・山陰線関連で興味深いケースがあるか調べてみようかな