在来線と比べたいなら、寝台列車だけじゃなくて「はつかり」「海峡」→「白鳥」「スーパー白鳥」も全部含めて比較しないとフェアじゃないし、そもそも定員も本数も違うのに「乗車率が高い、低い」って言われてもねえ。

だいたい、寝台が儲かるなら最初は3往復もあった「北斗星」を減便しなかっただろうし、「トワイライト」「カシオペア」も毎日運転できるように車両を増やしたはず。
後継の車両すら作らなかったことが全ての答え。JRにとって定期列車として残したいと思える存在じゃなかったということ。仮に残すにしても団体臨時列車しかあり得ない、となったからこその「四季島」「瑞風」「ななつ星」なわけだし。