経験がないので分りませんが
先乗り列車相当と後乗り列車相当の有効開始日が同日であれば、
指定券購入時に後乗り列車を後発列車として指定できるかもしれません。
一度多機能券売機で試して見ては如何ですか?　分らなければみどりの窓口へどうぞ
*先乗り列車をはやぶさとして後乗り列車を後発こまちとすれば出来そうにも思えますが・・・