なんか議論がよくわからなくなっているが
先行が各駅停車、後続が直達で、先行各停が中間駅停車の話の場合、

１．先行各停が分岐器通過してホームに停止する、
２．分岐器はほぼホーム直前なので、分岐器動作開始はほぼ停車時刻からと考えれば、
　　正常動作なら、各停停車時刻＋30秒で切り替え完了
３．その時点で後続が停止距離より後方にいればぎりぎり止まれる
　　停止距離6.25km＋分岐器開始までの距離1kmくらいを取れば、
　　普通に通過する場合、ポイント切り替え完了から52秒前
　　普通減速の停止距離10kmをとれば、79秒前。
　　ここは停止時間ではない。停止距離÷巡航速度。
４．２＋３でぎりぎりで止まれるのは各停停車の82〜109秒前
　　ただし想定通りにいった場合＆判断時間は含まれていない。

これに、判断時間その他の余裕をどれだけ盛り込むか。
2分だとなんとか止まれることになるが、あまりにぎりぎりでありえない。
3分だと足りるか？素人目には十分に見えるが、
この辺は同時に想定される故障発生とその影響などを考えないと
どれくらいの余裕が必要かは、確かに外部素人にはわからん。
ただ、JR東海発表の概算だと余裕は3分程度に見える。

この前作ったなんちゃってダイヤのグラフおいときます
http://get.secret.jp/pt/file/1593006573.png

条件：
巡行　　加速度 加速距離 加速時間
km/h　　km/h/s m sec
直達 458 　　3 　9711 153 　※品川名古屋40分
各停 458 　　3 　9711 153 　※品川名古屋69分

直達通過後各停発車までの時間：60秒

各駅停車停車から直達通過までの余裕時間
各停発車　6:03:00　6:33:00　7:03:00
神奈川駅　0:03:44　0:03:44　0:03:44
山梨県駅　0:03:27　0:03:27　0:03:27
長野県駅　0:03:27　0:03:27　0:03:27
岐阜県駅　0:04:27　0:04:27　0:04:27
名古屋駅　0:03:11　0:03:11　0:03:11　※直達も停止

実際には、到着時刻の帳尻が合うといっても全区間458km/hで走るわけではなく、
下り含む急こう配などで速度を落とし他では500で走るとか、加速度を加減するなど
必要に応じてメリハリつけると思われることから現実のダイヤには程遠いでしょうけど、
雰囲気はこんなもんではないかと思います。