ならこれでどう?
2面3線を2層にして合計4面6線として渡り線は適宜作るとするが。
3階ホーム(本線:4・6番線、5番線は直進する場合は車庫方面)
6番線:下りライナーホーム(日暮里と同じ方式)
5番線:北総線・成田スカイアクセス線
印旛日本医大・成田空港方面
4番線:北総線・成田スカイアクセス線
上野・押上・西馬込・羽田空港・三崎口方面(一部5番線)
2階ホーム(本線:1・2番線、3番線は金町線)
3番線:金町線
京成金町方面/押上・西馬込・羽田空港・三崎口方面(一部2番線)
2番線:本線
成田空港・ちはら台・芝山千代田方面(一部3番線)
1番線:本線
上野・押上・西馬込・羽田空港・三崎口方面(一部2番線)
5番線のホームから直進した場合渡り線通過午後は2階の1番線と2番線の間に入るように下に下がって渡り線通過したら単線で更に下に下がって車庫に入る感じで(車庫の移転先が都営高砂団地の跡地になるためアプローチ線の余裕はある)
あと2・3番線以外はAE形10両対応ホームにした方が良いかもしれないね。(この場合1・4番線はライナーの降車ホームにもなりうる)
図で案を示した方が分かりやすいかも。
