国土交通省が、鉄道に拘らない「公共交通の利便性」に関する検討会を始めて、それからJR西が赤字低輸送密度区間を発表したんだから、両者は打ち合わせ済みでしょう。
国土交通省の目的は、一定の条件(低輸送密度、運営赤字)を満たせば、県と自治体が赤字を補填する制度の確立だと思う。