まず、前提として、一般的なSCP-1999-JPの特性は
限定的な現実改変能力を持つ人型実体（SCP-1999-JP-A）が出現して
そいつが作った舞台（SCP-1999-JP-B）の領域内では「脚本」のとおりに動かされる
というもの

1999年7月の日本で日本滅亡待ったなしな大規模異常が起きた際に、大量発生したSCP-1999-JP-Aが
「異常が起きなかった日本」というSCP-1999-JP-Bを生み出して上書きした
つまり、1999年7月某日を起点として、日本列島はSCP-1999-JP-Bに置き換えられ
対応する脚本である『杞憂』の内容に支配される領域になっている

『杞憂』の一節である「されど果てた世界は終わらない。終末は眉唾語りとなり果てる」の影響なのか
「やばい事象が発生する際にそれが終末論として日本国内で流行すると
終末論の元ネタの影響力が減少または消失する」
という特性が発揮されてるので、Thaumiel認定された
おそらくは、「隕石が落ちて世界が滅ぶ」って事象が発生しそうになると
日本国内で「隕石が落ちて世界が滅ぶらしいよ」って噂が流行する
そうすると、隕石は落ちなくなったり、落ちても被害が小さくなったりするって感じだと思う

んで、日本がSCP-1999-JP-B-49に置き換えられたら、異常存在や異常団体が増えただけではなく
そもそもそれまで存在していなかった「財団日本支部」なる組織の存在が確認された
日本国内で増えた異常存在やらに対応するために「日本支部」とやらをそのまま使ってるけど
「日本支部」は本質的にはオブジェクトによって生み出された異常団体なので
常に本部が監視してるし重要機密は日本支部には秘密にしてる