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パトロクロス艦長etcはもっと下位だよ
艦隊司令部要員と旗艦とはいえ個艦指揮官の艦長では職責が大きく違う。

現代の軍なら指揮権継承順位は
艦隊司令官→副司令官→分艦隊指揮官（先任順）→分艦隊副指揮官（先任順）→
→艦隊旗艦艦長→以下略（艦隊構成艦の艦長や副長の役職順、階級順、先任順）
そして参謀や副官はどんなに階級が高くても指揮権継承順には入らない。

あの場面なら、分艦隊指揮官の誰かに指揮権が移るのがまっとうなんだけど
同盟軍だから司令官の自儘で決まっても仕方ないね。