SFはファンタジーの一部だが、今ファンタジーのうちのSFでないものを特にメルヘンと呼ぶことにしよう
何をSFとするかは誰も知らないが、「〜はSFではない」と誰もが認めるような要素を満たしていないものをSFと呼ぶとすると、以下のどちらかの要素に当てはまればSFになる

1.SFのレーベルで出版されている
2.非論理的な部分がない

例えば「ハリー・ポッター」シリーズはファンタジーに含まれるしガワは魔法を使っているが、魔法は効果が決まっていて再現性があるのでSFになる
「虎よ！虎よ！」をSFでないという人は殆どいないだろうから、魔法が超能力のようであれば問題ない
この条件を満たしていてもSFじゃないと言われるなら、「嘘っぽくない」ように見せるための描写が少ないものを単にそう読んでいるだけだろう

対して「君の名は。」は彗星の軌道や人の出会う確率が対比や芝居といったメタ的な演出のために歪められ、入れ替わりの理由についても多くは語られないからメルヘンになる