原作及びアニメの描写だと、レーザー兵器が主力でミサイル兵器は補助的なものなんだろうね。
ペイロード的にも弾数は限られてくるだろうし。

威力としては、砲戦距離600万キロを短時間で飛来できるくらい高速だから、核爆発のエネルギーと移動エネルギーを加算して加速した個体物を装甲を貫くような形になるんだと思う。
戦艦の防御は対レーザー兵器を前提にしたシールドがメインだから装甲は弱いのかもしれない。レールガンでも装甲を貫かれている。