>>241が言っているのは、Nと呼ばれるようになった野々村がアンチ時空局の工作員になった時に既に、
以前の記憶がなくなっていたのは何故だろう？って事ではなかろうか（番匠谷教授の事も忘れてたし）？

それについては、確か作中でも明確な説明はされてなかった記憶があるけど、
おそらく車内から連れ出された後に記憶の操作でもされたのでは？というのが個人的な感想。