首都星の守りを固めること自体に違和感はないな。
統合作戦本部などの軍首脳部があるから、叛乱が起きれば真っ先に狙われる。命令系統を抑えられたら同盟軍が麻痺してしまう。
クーデターの時、ヤン艦隊が自由に動けたのはあらかじめビュコックからクーデター軍討伐の命令を受けていたからだし。

あと、一度皇帝の名前は忘れたが、皇帝自ら率いる帝国軍の遠征軍に連敗して、ハイネセンに迫られたこともあるからということもあるんじゃないかな。