女性が軍艦の乗ると、女性専用のトイレや更衣室、部屋が必要だからな。軍艦のペイロードに余裕がないから男性のみというのも仕方がないかと。
色恋沙汰も困るし。

一般大学出身の士官は存在すると思うよ。劇中の舞台が花形の制式艦隊司令部とか宇宙艦隊司令部など軍上層部だから出てこないだけだと思う。
年間3000人程度の士官学校卒業生では万単位の艦隊なんて艦長クラスだけでも運用が出来ない。おそらく、軍艦の艦長クラスや
辺境司令部や艦隊の幹部は一般大学出身で構成されているのではないかな。