基本的には旧同盟政府の役人が行政を行い、トップと意思決定部門や財務部門などの要職に関しては帝国から派遣という形になると思う。
行政の実務はやはり現地の事情を熟知した人間でないと難しい。

圧力に関しては、旧同盟領にも艦隊など機動戦力や星系ごとに軍が駐留することになるので充分。旧同盟は独自の軍事力は持てないからね。
もちろん敗戦国民として差別や植民地化せず帝国領臣民と同等の扱いで善政を行うことは大前提。
旧同盟市民の成人は徴兵で軍事教練や実戦経験があるから扱いは慎重にならざるを得ない。