公式サイトによると

"まけてもおなじじかんをくりかえし、あいてのこうげきをおぼえてつよくなる『リベンジじごくさくせん』で、やみエナジーをあつめようとした"

ということは、リセットしても闇エナジーは保存されると考えてよさそう