そうか、今まで普通徴収だから私が払って終わりだったのですが、
これは納付書は同じだけど、会社に来ているので仕訳がいるのか・・

これは次の役員報酬の時に1年分天引きして1回で仕訳を終わらせてもいい?
厳密だとダメかもしれないけど、つじつまは合うよね。