交際費否認やら福利厚生費否認がどうのというより
①会費という名目で参加者からも徴収＝自腹
②足りない分など、一部分を本店支店がそれぞれ負担
というやり方にしたいが、会社負担分を本店支店に分けるにあたり何か不都合は有る？
というような質問かと思ったんだが

会社負担分が有れば店→会社の領収書は当然必要だし、領収書の額に対し幾ら負担したかの資料を作成するのも必要
福利厚生費にしろ交際費にしろ会社負担分を本店支店に分けるには帳簿上の処理だけでOK
会費分は一般的に預り金すら通さないと思われ、というか俺なら帳簿に入れたくない