普通のデスクトップアプリでは, OpenGLやDirect3Dはハードウェアよりな低レベルAPIなので
そういったAPIを使わずに高レベルなライブラリを使う事が多い。
3Dにあまり詳しくない人でもUnreal EngineとかUnity等のゲームエンジンを使えば
GPUを使ったそこそこカッコいいCGのプログラムを作る事ができる。

WebでもWebGLを直接使わなくてもそこそこ3Dのできるライブラリが使われるようになるんじゃないかと思う。
WebGLはそういったライブラリを実装する基盤として使われると。