Linguist というライブラリを利用した自動判定のようなので
その判定にそったファイルを用意すればいけるんじゃないかな。
# 設定などで変えれるものではなさそうということです

GithubでのCoffeeScript判定 - Qiita
qiita.com/giginet/items/0a25c26bffb74119dee0

github/linguist
github.com/github/linguist