WindowsでもLunixでもMacでも
タイムスタンプを維持したままコピーするかどうかは選択の問題
常に維持されるのが当然っていう考え方はナイーブすぎ

makeはそういうもんだしgitから見たらコントロール外にある仕様だから
自己矛盾でもなんでもない

今後はbazelのようにコンテンツベースのビルドツールも増えてくるだろうし
gitに保存されてるハッシュを利用するようなものも出てくるだろうね
でもそれとgitがタイムスタンプを復元する機能を持つべきかどうかは関係ない