Unixじゃパーミッションやグループやオーナはデプロイ時に設定するのが一般的だな
特にオーナとグループはデプロイするローカルな環境に依存していてパーミッションの効果に影響するから
ソース管理でファイルが保持している情報をそのままデプロイするとかありえん