>JavaでGUIアプリ作ってネットで配布する場合、エンドユーザーの環境に依存するの辛いでしょ
JRE同梱だと回避できて、JARだけだとダメな問題ってどういうのがあるん？
実際にクライアントの環境が異なってたらどうやって提供しようが辛さは一緒におもえる

だいたいJRE同梱なんかされたら何仕込まれてもわからん
サンドボックスのしっかりした仕組みがあるわけじゃなし
そもそもWindowsとかOS側が信用できない

共通のJavaだから信頼感あったのに