ear, war, tar など、ar とついているものは、zip などの圧縮 archive だろ。
サーバーにデプロイするために、1つにまとめる

だから、a.ear の中から、b.war の中の、オブジェクト・関数などは使えないのだろう

2つもデプロイしないから。
デプロイするのは、1つだけ

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