レジストリにはメリットデメリットあって、OSや共有ライブラリではあった方がいいけど
一ソフトウェアレベルではユーザー側にメリットって大してないよ。
大体、レジストリがあるのWINだけでしょ。

ソフトウェアレベルといってもソフトの規模や性質次第だから一概に言えないけど、
環境バックアップ・移行とかの際、たくさんあるソフトを一々インストーラーや
設定のバックアップからの復元をするより、ソフトと設定まるごとコピーできりゃ
樂だしね。
定期バックアップもレジストリ絡まれると面倒。

上で「たくさんあるソフト」って書いてるところがミソで、ソフト単体で見たときは
レジストリを使おうがどうだろうがどうでもいいんだけど、バックアップや復元作業
の観点からたくさんのソフトを扱い出すとレジストリは面倒だよ。