>>531はUWPの話だよ
>>571は従来からの.NETの話
>>575の言うように.NETのexeは純粋なバイナリコードではない
.NETのexeファイルはCLR上で実行される中間コードとその他のファイルのパッケージングのファイル形式であって
Win32などのexeとは根本的に異なる
実際にはexeファイルを初回起動した時点でインストールが行われパッケージ内のマニフェストに従って指定のフォルダに各ファイルが再配置される
dllや設定ファイルもこの時に本来の位置にインストールされる
exeに設定が埋め込まれているというのはこういう意味