同じツールセットと設定でビルドすればバイナリの差分確認くらいできる。
タイムスタンプとか差分の出るところはわかってるんだから。
プロジェクトによってはちゃんと複数人でそれぞれビルドして同じソースからビルドしたバイナリなのを確認したりする。