それはAeroのせいかも知れない。
色々なアルゴリズムがあるが、特に「半」透明の処理は、後ろから順にやって
いかないので、Windowが重なっている場合、その内の一つでも色が変化した場合、
その場所に重なっている全ての Window の色が分からないと、画面に表示される
色が計算できない。Windowsは、昔はメモリが少なかったので、伝統的には、
各Windowが仮想VRAMを持たない設計になっていた。それと絡んで、Windowの
ピクセルの色を取得するには、そのWindowにWM_PAINTメッセージを送って、
アプリプログラマが作成したOnDraw()などの関数に本質的にはそのWindow全体の
再描画をさせるのが伝統的やり方。
このやり方に従っているなら、ディスプレイ上の最終的な色を取得したい場合、
例えたった1点の色であっても、非常に沢山のCPUパワーを必要としてしまう可能性が
ある。仮想VRAMにキャッシュしておけば高速化できる可能性は高いが。