https://social.msdn.microsoft.com/Forums/vstudio/ja-JP/1b743b77-d208-46d2-9fcf-25866384fc5b/netframework1245012503125221246512540124711251912531124342102122238?forum=csharpgeneralja

私がユーザーから起動を早く出来ないかと言われた時にテストした限りでは、スタンバイや休止ではない完全な終了状態からWindowsを起動してログオンし、最初に起動する時の起動時間についてはngenはほとんど効果ありませんでした。
テスト結果はうろ覚えなので正確な時間はわからないのですが、2回目起動が5秒くらいで済むのが、初回は1分以上が頻繁に発生してました。(ILMergeで全部まとめてngenしてある1MB弱のexeと50kB位のネイティブdllです。)
Windowsが読み込みを遅延させてるのかもと考えてしばらく待ってからの起動でも同じような結果になりました。