int[][] ab=new int[100][100];
２次元配列でカウントしていく場合
ab[100][1]　ab[100][2]　ab[100][3]
と右側を小とみてカウントさせていく作りにするのが普通ですか？

ループではこうでしょうか。
for (i=0;i<100;i++) {
　for (j=0;j<100;j++) {
　　ab[i][j]=1;
　}
}

また、これで代入した場合
int[][] as = { {1, 2, 3}, {4, 5, 6}, {7, 8, 9} };
as[0][0] 1　as[0][1] 2　as[0][2] 3　as[1][0] 4　
の順で代入されるのでやはり右側が小さい位と考えるのが自然ですよね？

座標の時はどちらがいいかわかりません。
as[x][y]　こちらが見た目では自然ですが
第一項目x 第二項目yと考えると
as[y][x]　と右から左へこの順にしたほうが正しいような気がします。
この辺はどう考えるべきでしょうか？