手元のソースを見ながらレスしたんだけど、
親ウィンドウ（プロセス）から作った子ウィンドウ（COMBOBOX, CBS_DROPDOWNLIST | CBS_OWNERDRAWFIXED コントロール）
のサブクラス化だけでそっちにメッセージはちゃんと来ててリストの色分けとかできてる

親プロセスが別という話ならテストしてないから知らんし、手元のソースも WM_DRAWITEM を処理してるところが他にないので
これ以上調べる気は無い