Java のライブラリを使うから Java がわからないと使えないってことになってしまうのだろうが、
そこら辺を Kotlin でライブラリ作るなどして解消できたら残るは java コマンド使った実行方法だけにならないか？

一部はそうなってるよな。String クラスみたいな根幹に関わるようなクラスは Kotlin 側ライブラリにある。
もちろん Java 側ライブラリの処理を呼んでるだけのラッパーもあるけど。