SQLiteに限らずmatchならまだしも文字列の=って糞遅いでしょ、トランザクションが有効なのって書き込み時だしね
SQLiteのクエリはutf16版を使ったところで結局はutf8への変換が生じるからC#から使うとオーバーヘッドは避けられない
その上でPRAGMA encoding='UTF-16'とかしてたらまたまたキーワード部分を変換しないといけなくなったりともうめちゃくちゃ
だから一回のクエリで全件持ってきてC#上で検索すればそれくらい早くなるというのはまぁ自然