まず重要な前提として
システムの仕様変更というのは
appのソースコードの変更だけではない。
データベースの変更や接続してる外部サーバや
ストレージに関連する仕様変更とかもある。

そして、カプセル化を初めとするオブジェクト指向の
設計技法はメモリ内の瞬間的なごく狭い範囲の
事しか考えてない。

外部環境の仕様が変わったり、フェイルオーバーなどの
不具合が起きてシステム全体のデバッグしたり
不具合調査するときに、app層がカプセル化されていたり
オブジェクト指向の技法が使われているほど
それらが邪魔になってやりにくくなるのは
想像に難くないと思う。

仮想化やクラウド化が進んでる最近では
こういう外部環境の隠蔽は逆に困るんだよ。