pythonは言語やライブラリがexe化して配布される事を想定してない

標準のパッケージングで対応出来ないなら、基本的にはpythonを使うべきユースケースじゃない

問題発生時に責任持って尻拭いできるなら、pyinstallerで問題が発生しないことをお祈りしながら使い続けるのも一つの選択肢