makeの場合、環境変数PATHの切り替えで32bit用と64bit用のコンパイラが簡単に切り替えられるが、
cmakeは余計なことをしてくれるので不具合が発生する。

cmake -G "Visual Studio 16 2019" -A Win32 ..
こっちは動くが
cmake -G "Visual Studio 16 2019" -A Win64 ..
こっちは動かない。
ただ、何もしないと勝手にWin64のコンパイラを起動するので指定なしで代用できる。
この時のCMakeLists.txtは自分の書いたものでなくて、そこそこ有名なGitHubのソフトのものなので、
CMakeLists.txtの問題でなく、cmakeそのものの問題だと予想される。

さらに、/MT, /MD, /MTd, /MDdと四種類のライブラリをビルドしようとすると
勝手にコンパイルスイッチをいじられるのでマクロを使って工夫する必要が出てくる。

こういうのを考慮するとcmakeにすると互換性ばっちりとは言い難い。
簡潔なMakefileを書けるなら、そっちで配布した方が結果的に互換性が高いと思う。