ClickOnceって一回のクリックでインストール（アップデート）から起動までしてあげますよって仕組みだから
アプリの起動制御までは出来ないんではなかろうか

そもそも変な要件だよね
例えば客先のPCに展開するためにインストールだけしたいってことなんだろうけど、
初回の起動でインストールされるんだから
そんな展開作業もいらないのでは？