他人の作ったツールでマウント取ろうとしてる時点で頭おかしいけどな
せめて「ぼくのすごいそふとうぇあ」でやれよと
(この意味ではQiitaは正しい)

それはさておき、
・実行環境の全てを保存したい→パーミッションも全部保持して欲しい
・ソースコードの変遷が辿れればいい→パーミッションは全部755でいい
実行権限のあり/なしで動作が変わるシェルスクリプトなんて普通作らんし、
(Git以前かららしいが)実行権限だけ保存するのはどういう理由なん？