2015年11月 3日：両毛線架線切断。3時間我慢大会イベントが開催。
2015年11月 5日：ＪＲ東日本社員やグループ会社社員ら１１２人が、高校野球大会の優勝校を予想する賭博をしていた。
2015年11月 7日：新杉田駅で発生した信号関係故障。全線1時間以上運休。
2015年11月10日：池袋の松之家に客として来ていたJR職員(制服着用)が注文を取り忘れた従業員に馬鹿って怒鳴った。
2015年11月12日：山形新幹線は福島駅での車両不具合の影響で運休。
2015年11月14日：仙山線で異音確認。常磐緩行線と京浜東北線で車両点検。京葉線で信号故障。
2015年11月14日：山手線E235系 大塚駅でデビュー当日から車両トラブルが続出。
2015年12月 3日：横浜線、電柱が折れ始発から午前１０時過ぎまで運休。横浜などで高校が休校。
2015年12月 6日：横須賀線品川東京駅間排水設備が故障。線路が冠水。７時間以上運休。
2015年12月21日：南武線の西国立駅で普通電車がドア２０か所を開けたまま発車し。およそ１２メートル進んで緊急停車。
2016年 1月 2日：南武線の川崎駅で、レールを切り替えるポイントが故障。１時間半閉じ込め。3時間以上運休。
2016年 1月27日：中野電車区イベント運転士体験をしていた幼児が誤ってフルノッチ。「車止めに衝突する可能性もあった」と問題視。
2016年 2月 8日：総武線馬喰町駅の構内に水が流れ込んで線路冠水。
2016年 2月15日：仙台支社新幹線総合車両センター品質管理科 伊藤曉容疑者(59)下請けの会社に3675万円をだまし取る。
2016年 2月23日：ＪＲ川崎駅構内で京浜東北線の回送電車が駅改修工事を行っていた作業車に衝突、運転士ら２人が軽傷。
2016年 3月 3日：福島総合運輸区の男性運転士が、昼間にもかかわらず運転室の仕切扉を締め切り乗務中スマホ操作 動画撮影され発覚
