>>140
＞新神戸駅の自動改札で
＞止められたり、車内改札で車掌に何か言われるのは避けたいので、

両方ともあり得ないから、考えなくていい。
それでもどうしても経路を印字したいのであれば、片道ずつ買ってください。

＞何とか実際に乗車する経路で発券する方法は無いんだろうか？

往復乗車券（往復割引乗車券を含む）で発券しようとする限り、方法はありません。