三鷹→福岡市内(経由:中央東・東京・新幹線・博多)の乗車券、東京・品川→新大阪の新幹線特急券を持っています。

さっき、横須賀線の武蔵小杉駅から品川までICカードで乗車して、品川の新幹線乗換改札に乗車券&特急券を入れてICカードをタッチしたのですが、エラーとなってしまいました。
有人改札に行ったのですが、ICカードの入場記録は削除されて(武蔵小杉→品川の料金は引かれませんでした)、スタンプ入札で新幹線に乗れました(降りるときも有人改札でと言われました)

本題ですが、この場合武蔵小杉→品川のICカード引落が必要ではないでしょうか?
必要ないとしたら、三鷹→福岡市内の乗車券でなぜ武蔵小杉→品川も乗れるのでしょうか。
東海道線&支線の横須賀線を二度通ってる区間があると思います。