まず、銀座線渋谷〜東急代官山のIC運賃は126円だ。これは認めてくれ。
定期券とか全く関係なく、普通にチャージで乗る場合も。
なぜそうなってるかちゃんとした理由は知らないが、メトロ渋谷として一つの運賃テーブルしか持たない
（銀座線改札から乗る場合と半蔵門線改札から乗る場合とで運賃差をつけない）ようなポリシーにしているのかもしれない。

で、定期券の話に移るが、
渋谷〜表参道間を含まない定期で銀座線渋谷の改札を入場した場合、
定期区間外と判定され、「このあと定期区間内で出場したらいくら減算するか」の金額がICに書き込まれる。
で、その金額は、入場駅である銀座線渋谷からの運賃が最安になる定期区間内の駅まで。
銀座線渋谷〜東急渋谷は運賃が設定されていない（もしくは大きな金額が設定されているかもしれない）ので、
次に近い（最も安い）銀座線渋谷〜東急代官山がICに書き込まれるわけ。

なので、そのあと定期区間内のどこで降りても（定期がＪＲ連絡の定期で、ＪＲの駅で降りたとしても）
銀座線渋谷〜東急代官山126円が減算される。

これは渋谷に限った話でも何でもなくIC定期の一般的なルール（というかタッチ時の計算時間を短くするための技術的制約）で、
ノーラッチで行けないはずのルートの安い運賃が減算されるなどの現象が、よくある。