強制ではないけど国の指導で「(1円単位の)ＩＣカード運賃は現金運賃と同額ないしそれより安価となることを基本」となっている
http://www.mlit.go.jp/report/press/sogo09_hh_000072.html
これをどこまで守るかは鉄道事業者次第で、結果的に今の運賃に落ち着いた