どうしてもJRにこだわるなら
常磐線〜磐越東西線か
丸一日かかっての移動になるが嚙まれる危険は最も低い

北陸新幹線開通前なら中央本線〜篠ノ井線〜信越本線も考えられたが
今は３セク区間の状況が不透明、妙高高原は系統完全分断と聞いたとき
中間改札設置かと思ったが意外にも設置されなかったが。