X11R6.6まではXのリファレンス実装としての面が強かった。
XFree86もリファレンス実装の一部だったX386スから派生したもので、
XFree86 4.4の時点ではR6.6準拠してるしXFree86からXOrgへのコミットもあった。
ライセンスが変わったXFree86 4.4の直前のX11R6.6にXFree86 4.4 RC2をマージ
したのがX11R6.7でリファレンス実装としての性格がうすれた気がする。
たしか英語版Wikipediaに綺麗にまとまってる。

Xutf8*みたいなXFree86の独自拡張だった分も取り込んでるから、互換性には
ほぼ問題はないと思われ。