cygwin の bash で、NTEmacs 用に CVS から取ってきた mixi-el (2-0-0) をインストールしようとして、
% autoreconf -f -i
% ./configure --with-emacs=/usr/local/emacs/bin/emacs --with-lispdir=/usr/local/emacs/site-lisp
とすると、
% checking for /usr/local/emacs/bin/emacs... emacs
このチェックは--with-emacs で指定したとおり /usr/local/emacs/bin/emacs をチェックしてくれますが、
それ以降の
% checking what flavor does emacs have...
% checking prefix for your Emacs...
などは、--with-emacs で指定したものではなく実行パス上の emacs を見にいっているようです。
たとえば、cygwin の /usr/bin/emacs が使われているようです。

生成された Makefile を見ても、 90 行目は
EMACS = emacs
となっていました。

EMACS = /usr/local/emacs/bin/emacs
として configure を実行するには、どうすればいいでしょうか？