LuaTeX-jaの縦組、ちょっと上手く言えないんだけど
PDFの文字情報？っていうのがおかしい気がする。

upLaTeX+dvipdfmxとかで縦組したPDFだと
縦書きの部分を下にドラッグするとその縦書きの部分がそのまま選択されるけど
LuaTeX-jaだと、その部分から横書きの方向に選択されてしまう。