そもそも科研費の申請書類が(u)pLaTeXなんだよな
LuaLaTeXでもいけるのかもしれんがよく知らん
自分は文系だからTeXで論文を出せるところがないが、理系だと今でも(u)pLaTeXだと聞いた
日本のアカデミック界が一斉にLuaLaTeXに移行してくれない限りどうしようもないと思う