evince か qpdfview を入れている人が居たら、下の URL にある PDF を開いて確認して貰えませんか？
https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/fontconfig/+bug/1317599/+attachment/4213588/+files/rfa1415_15sep_lect1.pdf

私の所では、 mate 付属の atril と qpdfview で、 "fi" 等のいわゆる Ligature が表示されません。
空白になります。皆さんの所ではどうですか？
ちなみに、gv では問題なく表示されます。　firefox ではその部分だけ変な太い文字で表示されます。
うちでも同じ様になるとか、いや問題ないとか、こうすれば直る、など情報をおねがいします。