30日ぶんを申請するのに、「残り12日」ってどういう意味でしょう？
どういう勤務体系なのかわからないけど、普通に土日祝日がもともと休みなら
有給休暇が18日ぶんあるなら9月分はまるっと有給で休めるのではないですか？
9/1から傷病手当金を申請するなら、
確かに12日ぶんは傷病手当金として支給されますが
有給ぶんは不支給となってしまいます（有休ですから「給与」は出ますが）
9月は有給だけにしておき、申請期間を9/28からにすれば
（勿論申請の手続きは10月過ぎてからになるけど）、
手当金はお得に受給できることになりますよ
