普通は>>231の言うように、参照先のexeが登録されるはず。
当然だけどexeを参照先にしているショートカットじゃないとダメだから、
上手く登録されないショートカットの参照先見てみるとなにかわかるかもしれない。

例えば、Steamのゲーム起動ショートカットは参照先が steam://rungameid/ なURIなので登録不可。